PyRadiomicsExtraction

Sumário:

• Execução
• Funcionamento
• Pré-Processamento
• Dependências

Execução:

Execução via terminal:

python extrator.py {{{/diretório_com_imagens}}} {{{parametros}}} (Brilho) (Contraste)

*Parâmetros entre parênteses são opcionais, com valores padrão 0 e 0 (sem efeitos) para o Brilho e Contraste.

O arquivo resultante por padrão estará no formato .CSV, e será salvo no diretório onde o extrator for executado, com padrão de nome:

{{{/diretório_com_imagens}}}_features.csv

Funcionamento:

%%{ init: { 'flowchart': { 'curve': 'bump' } } }%%
flowchart TB
    dir[(Diretório com imagens)]
    lbl(Parâmetros) .-> pr([PyRadiomics])
    br([Brilho & Contraste])
    dir --> pp{{Pré-Processamento}}
    br --> pp

    pp ==> vv(10x10 secções) 
    vv ==> dim(Volumetrização)
    dim ==> pr    
    
    pr -- Características extraídas --> Diretório_features.csv

Loading

Pré-processamento

É possível, se necessário, alterar significativamente o Brilho e Contraste das imagens, registrando-se no ato da execução os valores a serem utilizados pelo programa. É recomendado que estejam no intervalo [-100, 100], para evitar um comportamento destrutivo do pré-processamento nas imagens.

O ajuste desses parâmetros alterará todas as imagens do diretório durante a extração. Recomenda-se a alteração destes parâmetros vide testes com as imagens.

Seguem imagens com diferentes níveis de cada parâmetro:

Parâmetro	-100	-50	0	50	100
Brilho

Parâmetro	0	50	100
Contraste

Dependências:

• six
• cv2
• radiomics
• SimpleITK