-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
todo.txt
150 lines (127 loc) · 13.9 KB
/
todo.txt
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
- add search through hocomoco to opera.autosome.ru
- add conseensus sequence as one of macroape input formats
- check logo of query motif in macroape/scan: http://opera.autosome.ru/macroape/scan/aaaaaaalgd
Проверить, что будет, если ошибка случится внутри валидации (см. валидацию sequence_list-а в бурундуке)
Проверить, нужен ли recursive_valid для SnpList-валидации (нужна ли recursive валидация вместе с wrapped валидацией?)
(+) 1 - эмблема уменьшенного размера
(+) 2 - в меню выбранная позиция не отличается от hover-а
3 - сделать плавающие размеры бутстрапа и моих собственных табличек - в процентах, fluid grid
(+) 4 - убрать у табличек типа сниповых word-wrap, пусть будет скроллинг
(+) 5 - "Tool description and " -- просто Description и пусть торчит в подвале
(+) 6 - opera.autosome.ru/macroape/ --> description
(+) 7 - "wordwise background" --> "none - word counts"
описание для discretization
и прочие переводы
(+) 8 - вертикальная черта на странице параметров и горизонтальная на странице результатов должны быть серыми, как и все прочие детали интерфейса
(+) 9 - Advanced options. [+] открывает, [-] закрывает
(+) 10 - в результатах пусть наверху будут результаты, потом - параметры (кроме macroape/scan)
(+) 11 - view more parameters --> download task execution details(yaml)
12 - IUPAC - матрицы с каунтом
(+) 13 - Jaspar --> JASPAR
(+) 14 - описания коллекций (в них будет html ссылки на коллекции)
(+) 15 - в формах должна быть кнопка reset (но подальше от кнопки Run)
(+) 16 - поломана проверка матриц
(+) 17 - вместо красного фона ошибки на параметре - пусть будет рамка красного цвета
(+) 18 - чтобы не было большого отступа между описанием параметра и его ошибкой - заключить их в общий контейнер. И min-height поставить у этого общего, а у описания - убрать
(+) 19 - Fix following errors ... -- > Please fix following errors:
(+) 20 - вставить логотип программы (64px подгрузить с сайта autosome) например флоатом справа от описания программы(на странице запуска)
(+) 21 - collection висит почему-то ниже, чем Data Model на macroape/scan. Vertical-align ?
(+) 22 - effective count --> effective sample size
23 - при поломанной работе скрипта должно быть сообщение о том, что задача сдохла
(+) 24 - macroape/scan -- download results txt
(+) 25 - ресайзнуть логи
(+) 26 - раздизабливать кнопку onready (если вернулись по бэкспейсу)
(+) 27 - отформатировать матрицы примеров так, чтобы их не разносило в таблице (можно немного наврать в примере и обозвать мотив example 1 / example 2)
(+) 28 - в сниповой задаче рисовать текстом выравнивание. сиквенс, над и под - консенсусные последовательности мотива. (сделано по-другому сейчас)
(+) 29 - выровнять логи в сканилке мотивов так, чтобы все мотивы были выровнены друг относительно друга
(+) 30 - Macro-APE/Perfectos-APE --> MACRO-APE/PERFECTOS-APE
(+) 31 - везде либо ставить, либо не ставить двоеточие
(+) 32 - frequencies либо сделать ACGT над полями ввода как где GC-содержание. Или сделать baseline поля согласованным с лэйблом
(+) 33 - allele 1/allele 2 в результатах -- поставить вместо пробела
(+) 34 - уменьшить логи в сканилке снипов (и см.пункт 28) (сейчас вообще сделано по-другому)
(+) 35 - сделать маппинг мотивов на uniprot
!!! 36 - матрица, у которой буква стоит в конце строки воспринимается, будто это нормально, но матрица получается обрезанной
(+) 37 - модель по-умолчанию должна быть PCM. Возможно, сделать два одинаковых режима с разными примерами, но одинаковым кодом: PCM и WPCM
(+) 38 - фон табличек слегка высветлить ++ проверить, что нуклеотиды в логосах на этом фоне хорошо различимы
(+) 39 - добавить сцылку на гитхаб (и переместить код с битбакета на гитхаб)
(+) 40 - у перфектоса сделать цветную букву сайта, сайт - не большим шрифтом, а капсом, место замены - болдом и цветом (под цвет нуклеотида)
(+) 41 - вернуть в перфектос лого
(+) 42 - у перфектоса ссылка в названии `GLI3_HUMAN(uniprot)` - излишне подробная? `(uniprot)` - отрезать. uniprot-ов для гена может быть несколько
(+) 43 - добавить точки в локализациях
(+) 44 - новый java-пакет. Передача фона
(+) 45 - проверить, ломаются ли все еще в IE переводы строк у матриц
46 - лого SELEX-ов
(+) 47 - перетащить eval_similarity на java
(+) 48 - перейти на новые рубевые bioinform и macroape
(+) 49 - обновить названия классов perfectosape.MultiSNPScan --> perfectosape.SNPScan в театре
(+) 50 - обновить названия классов в скриптах для подготовки коллекций (предподсчет порогов)
51(!) - подумать о включении tablesorter-а в perfectosape и м.б. в scan_collection
52 - переместить unpack_collection из папки public
(+) 53(!) - починить восприятие пустых строк в перфектосе
54(!) - сделать возможность вбивать dbSNP-идентификаторы
55 - сделать обобщенную базу мотивов
56 - анализ не только снипов, но и инделов (по сути пар последовательностей)
57 - написать в веб-версии и в даунлоадсах, что наши коллекции human, mouse and, possibly, other vertebrates
(+) 58 - веб-версия запарывается на снипе "AFP_HNF-1 TAAAGTAACAGATATACCAACAAAAGGTTA[C/A]TAGTTAACAGGCATTGCCTGAAAAGAGTAT" Вероятно, дефис в имени
59(!) - если театр запускается не из под рута, а автоматически, то логи рисуются, а выравнивание - нет. Права доступа? Библиотеки? Что вообще за нафиг?
60 - кнопка reset не обнуляет форму после неудачной посылки. Лучше бы банально редиректить на action #new
100 - повесить align-motifs, sequence-logo, collect-distance-matrix & clusterize - на сеть
-----------
статус задач и сервера
------
ВАЖНОЕ! сделать запуск театра из морды не от рута, т.к. иначе возникают проблемы с glue_logos: он у рута не подхватывается в ruby_executable_hooks. Ну и права доступа лучше будут разграничены
Косметически поправил тексты.
(+) Я бы добавил на страницу с запуском задачи - к заглавию задачи -
картинку с логотипом программы
(сразу будет страница выглядет солиднее);
(+) С панели с хелпом - знак вопроса - чтобы по клику он вел на мануал.
Халявную картинку можно взять вот тут,
http://openclipart.org/detail/122449/question-button-by-ricardomaia
Еще одно предложение - если в очереди больше Х = 50 задач
то выдавать вместо запуска красное сообщение:
"It seems the Opera House server is overloaded, there are too many
tasks in queue (X). Please contact
Ilya Vorontsov (ilya-dot-vorontsov ...) or Ivan Kulakovskiy
(blabla-at-gmail-dot-com)."
А то вдруг китайцы кликательных ботов запустят.
Лене вон регулярно приходили мусорные задачи.
Еще мелочи:
(+) Полосочка в меню - приложил скриншот. Я бы лучше левую часть меню (все
что кроме тикетнамбер) подвинул чуть вниз - вместе с логотипом, чтобы
оно не упиралось в верх страницы.
(+|-) Общий отступ на всех страницах хорошо бы подвинуть чуть вправо (чтобы
он посередине был относительно текущих двух пунктов меню - макро и
перфектоса).
--> подвинул, но не уверен, что это хорошо
(+) На странице http://opera.autosome.ru/perfectosape/scan/new
в Интернет Эксплодере все что в инпут форме сливается в одну строку
-думаю, что у тебя там просто линуксовые переводы строк
зашиты.
Еще в эксплодере выпадающие списки (и только они) рисуются в
огромной черной жирной рамке.
Это фишка Бутстрапа (может починили в обновлении css-ки?) или ты
что-то правил? =)
(+) В http://opera.autosome.ru/macroape/compare/new#
очень странно, что поле для P-value boundary более справа, чем поле
для GC content.
Казалось бы и то и то уточняющие опции =\ - можно на одном уровне сделать.
Как-то раньше мы про это думали, но я забыл почему решили так.
(-) Хорошо бы чтобы Description ссылки в меню вели
прямо на http://opera.autosome.ru/имя
(обратное уже верно)
--> это приводит к тому, что бутстрапная менюшка глючит: как текущую страницу показывает и /macroape/compare/new, и /macroape/ (т.е. и запуск задачи, и дескрипшн)
(+) Очень не хватает кнопки Reset - чтобы вернуть опции и исходные данные
в исходное состояние.
Хочется чтобы она с Run не путалась - может быть по правому краю
выровнять, не знаю даже.
(?-) Красную обводку кривых полей ввода можно сделать чуть менее
насыщенного тона и потоньше.
(+) Вот тут, http://opera.autosome.ru/perfectosape/scan,
ошибку is not a number ты пишешь в трех местах - в хелпе (по клику), в
общем списке ошибок, и еще под каждым полем ввода.
По-моему последним можно смело пожертвовать.
(+) Я еще понаставил везде точек в концах предложений и сообщений - но
как-то засомневался. На эту тему еще подумаю =)
А вообще красивый ресурс получился. Надо бы и Бурундука туда же,
а то протух его родной сайт. Напиши, как у тебя будет таймслот этим заняться,
самого Бурундука я наконец-то привел в чувство.