讲座PPT分享|组学数据分析之功能注释二三事

[ixxmu]

https://mp.weixin.qq.com/s/Y3E-yFpYHHXo_ONnR0LHkw

[ixxmu]

讲座PPT分享|组学数据分析之功能注释二三事 by EcoEvoPhylo

#

zhe

点击名片   关注我们

    公众号上次更新还是23年12月，之后一直没有什么动力更新推文，付费广告都没能促使我继续更新。偶然有机会应厦门大学环境与生态学院研究生论坛的邀请，就我在宏基因组数据分析中的一点儿经验进行了分享。忙着做实验的间隙，做了下面的PPT，纯技术内容。突然很想发布出来，希望对大家有一点儿帮助，也希望大家提一点儿意见。以此为契机，我要开始更新公众号了。

    PDF版本PPT可以QQ交流群文件夹中下载，或微信公众号后台发送“20240624”获取。

---

推荐阅读

R统计绘图-线性混合效应模型详解(理论、模型构建、检验、选择、方差分解及结果可视化)

R绘图-物种、环境因子相关性网络图(简单图、提取子图、修改图布局参数、物种-环境因子分别成环径向网络图)

R统计绘图-分子生态相关性网络分析(拓扑属性计算，ggraph绘图)

R统计绘图-变量分组相关性网络图(igraph)

机器学习-分类随机森林分析(randomForest模型构建、参数调优、特征变量筛选、模型评估和基础理论等)

R统计绘图-(O)PLS-DA分析(ropls)

R统计绘图-(O)PLS-DA分析(mixOmics)

机器学习-多元分类/回归决策树模型(rpart包)

R统计绘图-物种丰度差异检验及biomarker鉴定(LEfSe分析、ANOVA和K-W检验)

R统计绘图-LEfSe分析及可视化(microbiomeMarker)

R统计绘图-判别分析(LDA/QDA)

R统计绘图-分类变量相关性卡方检验及绘图

R统计绘图-多重线性回归(平均加权模型/最优子集筛选，MuMIn)

R统计绘图-多重线性回归(最优子集法特征筛选，leaps)

R统计绘图-多重线性回归(最优子集筛选/交叉验证，bestglm)

R统计绘图-多元线性分类分析及绘图(mvpart)

R统计绘图-upset图绘制(microeco和UpSetR)

R统计绘图 | 物种组成堆叠柱形图(绝对/相对丰度)

R统计绘图 | 物种组成冲积图(绝对/相对丰度，ggalluvial)

R统计绘图 | 物种组成桑基图(不同分类单元微生物丰度及其从属关系，ggalluvial) -免费送书

R统计绘图 | 物种组成气泡图和聚类热图(ggplot2/ComplexHeatmap)

R统计绘图-物种组成分析图(饼图、热图、venn图、花瓣图和UpSet图)

R统计绘图-随机森林分类分析及物种丰度差异检验组合图

机器学习-多元分类/回归决策树模型(tree包)

R统计绘图-环境因子相关性+mantel检验组合图(linkET包介绍1)

R统计绘图-NMDS、环境因子拟合(线性和非线性)、多元统计(adonis2和ANOSIM)及绘图(双因素自定义图例)

R统计绘图-RDA分析、Mantel检验及绘图

R绘图-RDA排序分析

R统计绘图-VPA(方差分解分析)

R统计绘图-PCA详解1(princomp/principal/rcomp/rda等)

R统计-PCA/PCoA/db-RDA/NMDS/CA/CCA/DCA等排序分析教程

R统计绘图-PCA分析绘图及结果解读(误差线，多边形，双Y轴图、球形检验、KMO和变量筛选等)

R统计-微生物群落结构差异分析及结果解读

R统计绘图-群落生态学指数计算(α/β多样性、群落稳定性和生态位指数)

R统计绘图-PCA分析及绘制双坐标轴双序图

R统计绘图-分子生态相关性网络分析

R中进行单因素方差分析并绘图

R统计-多变量单因素参数、非参数检验及多重比较

R绘图-相关性分析及绘图

R绘图-相关性系数图

R统计绘图-带误差棒径向条形图(Radial Column Chart)

R统计绘图-环境因子相关性热图

R统计绘图-corrplot绘制热图及颜色、字体等细节修改

R统计绘图-corrplot热图绘制细节调整2(更改变量可视化顺序、非相关性热图绘制、添加矩形框等)

R数据可视化之美-节点链接图

R统计绘图-rgbif包下载GBIF数据及绘制分布图

R统计-单因素ANOVA/Kruskal-Wallis置换检验

R统计-正态性分布检验[Translation]

R统计-数据正态分布转换[Translation]

R统计-方差齐性检验[Translation]

R统计-Mauchly球形检验[Translation]

R统计绘图-单、双、三因素重复测量方差分析[Translation]

R统计绘图-混合方差分析[Translation]

R统计绘图-协方差分析[Translation]

R统计绘图-One-Way MANOVA

文献管理 | Endnote使用小技巧(修改引文格式、合并文献库、删除重复文献和更新文献信息等)

Alignment--本地blast使用详解1-数据库序列检索下载及比对

生信工具-traitar预测微生物表型(宏基因组/全基因组)

生信工具-MicrobeCensus估计宏基因组群落平均基因组大小

核酸数据库-原核生物可移动遗传元件鉴定(MobileGeneticElementDatabase)