单基因 GSEA 富集？

[ixxmu]

https://mp.weixin.qq.com/s/1iburkRpLu4hkqnae2sHmg

[ixxmu]

单基因 GSEA 富集？ by 生信益站

生信益站，一点就有益！祝友友们天天开心，月月发 CNS~

---

设我为🌟星标，每天就能第一时间看到推送啦~

单（一个）基因怎么做GSEA富集？

这里总结了【2】种方法：

1、协同(相关性)

前期千选万选，得到了你的目的基因A，你可以计算A与其他基因的相关性cor，然后进行排序（正相关在前，负相关在后）。

即用cor相关性来代替差异基因列表的log2FC。然后再进行GSEA富集，富集方法有2种，一个是使用clusterProfiler包，

• GSEA第4弹！超级简单的clusterProfiler包GSEA富集教程
  

另一个是使用博德研究所开开发的GSEA（java版）算法：

• 代码分享 | GO、KEGG富集分析烂大街了？试试GSEA富集吧
  

❝

注意：cls文件要用连续性变量（即A的表达量），然后Metrics参数要选连续型表型的算法：

如果用clusterProfiler包你还要单独计算相关性：

• 代码分享| 写一个pyhton程序进行基因共表达分析
  

2、分组

即根据基因A的表达高低，对疾病或者癌症样本进行分组，然后根据新的分组计算差异得到新的log2FC列表。

再进行GSEA富集即可。GSEA富集参考教程：

• 7篇文章带你学会GSEA富集分析！
  

参考文章

1、https://www.gsea-msigdb.org/gsea/doc/GSEAUserGuideFrame.html

2、https://wap.sciencenet.cn/blog-118204-1322777.html?mobile=1

3、https://jokergoo.github.io/GSEAtraining/index.html

---

OK，今天的分享到此为止。咱们明天见~

益站可以评论、留言啦。赶紧发表您的看法吧~

联系站长

❝

对本篇文章有疑问，或者有科研服务需求的友友可以在益站发消息留言，也欢迎各位童鞋扫下面的二维码加入我们的 QQ 交流群。

最新QQ群

---

科研服务

---

您的关注、点赞、在看、转发是对益站最大的鼓励和支持哈

---