6. 常见问题

1. HiC-Pro输出文件

使用HiC-Pro的allValidPairs转化成cLoops输入需要的BEDPE格式。一般我们选择在reads position 沿着reads strand的方向延长一定长度，通常我们选择reads测序长度与fragment size一半的最小值。由于在cLoops预处理的第一步即把(startA+endA)/2, (startB+endB)/2转换成(x,y),因而这个延长长度影响不大。

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2. trans-chromosomal loops

目前cLoops (v0.8)尚不支持得到染色体间的互作。在我们使用的多套ChIA-PET, Hi-C和HiChIP公共数据中，我们几乎没有没有找到比较可靠的染色体间相互作用，而这一计算过程往往耗时较多，因而目前没有整合这一功能。当我们看到合适的测试数据其明确含有这类loops后，我们会尽快推出一个检测trans-chromosomal loops的脚本。