Skip to content
Sander W. van der Laan edited this page Oct 19, 2022 · 1 revision

Tackling issues.

Below we will deal with known issues and provide solutions.

Below just placeholder text

Paragraph 1

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Vivamus ante lacus, efficitur sit amet urna nec, aliquam mattis velit. Nullam pellentesque, ipsum sit amet malesuada facilisis, orci diam blandit augue, eget malesuada odio ipsum ac nunc. Phasellus imperdiet ligula arcu, et cursus sapien vestibulum pharetra. Morbi ultrices pellentesque mi, nec cursus risus mattis vel. Aenean pellentesque lectus eu dolor lobortis, a ultrices lorem placerat. Fusce turpis nunc, molestie dapibus risus auctor, ornare vestibulum libero. Praesent sed magna venenatis, tincidunt magna id, vestibulum ante. Proin maximus malesuada purus nec gravida. Donec condimentum lacus in faucibus gravida. Fusce venenatis volutpat semper. Fusce semper suscipit orci, et dignissim tortor accumsan vitae. Aenean quis ligula sed ante molestie ultrices. Donec id metus quis turpis condimentum auctor ac ut quam. Etiam pretium, diam in sagittis congue, orci turpis pharetra elit, eu interdum massa sem in eros. Nulla pretium, augue quis vehicula commodo, lorem orci aliquam neque, sed viverra ipsum purus ut justo.

Paragraph 2

Sed iaculis magna tristique nibh congue, quis dapibus lorem tincidunt. Sed elementum ligula ut nibh ultrices semper. In in lectus eget turpis varius egestas nec sit amet sem. Integer vulputate lorem non lorem accumsan dignissim. Curabitur hendrerit convallis orci nec mollis. Donec commodo dui lorem, et suscipit enim porttitor sed. Phasellus et lectus a ex volutpat sodales. Aenean consequat, nisi vitae porta malesuada, nibh justo semper erat, vitae pharetra leo velit sit amet lectus. Integer ut leo in ipsum fringilla egestas. Phasellus dapibus, leo nec viverra ornare, massa nulla venenatis odio, quis facilisis mauris sapien sed lectus. Fusce turpis diam, lobortis sit amet vulputate vitae, suscipit ut sem. Sed ultricies ex ex, vel faucibus orci elementum vitae.

Paragraph 3

Fusce quis risus tellus. Fusce finibus faucibus tortor, vitae sodales nisi. Class aptent taciti sociosqu ad litora torquent per conubia nostra, per inceptos himenaeos. Morbi ac eros eget nunc consectetur iaculis. Morbi semper, enim ut sagittis congue, lacus lectus placerat justo, sed porttitor ex arcu eget neque. Vestibulum blandit magna vitae orci rutrum vehicula. In hac habitasse platea dictumst. Nam vulputate neque mauris, quis tristique libero efficitur ac. Phasellus erat nunc, imperdiet nec augue ut, vehicula aliquet sapien. Nunc bibendum at elit vitae consectetur. Quisque eget bibendum nulla, vitae malesuada orci. Morbi dolor sapien, consectetur sit amet odio ut, venenatis lobortis erat.

Paragraph 3.1

Mauris finibus placerat ex quis ornare. Maecenas elit nunc, gravida et neque vitae, posuere consectetur risus. Maecenas auctor maximus convallis. Proin scelerisque quis tortor ut laoreet. Praesent et ex blandit, rhoncus nisi sit amet, molestie nibh. Suspendisse hendrerit ligula in fringilla feugiat. Duis cursus, orci ut dignissim pharetra, felis ligula scelerisque lectus, vitae laoreet est orci et nisl.

Paragraph 3.2

Vestibulum ante ipsum primis in faucibus orci luctus et ultrices posuere cubilia curae; Duis nulla lacus, pharetra quis dolor non, rhoncus lobortis ante. Sed fringilla ut mi eu pretium. Phasellus suscipit fringilla dignissim. Sed commodo condimentum orci non posuere. Donec placerat arcu eu accumsan dictum. Pellentesque ornare tincidunt rhoncus.

Overview

Welcome to slideToolKit

Manual

Introduction
General instructions

slideToolKit scripts

slide2Tiles
slideAppend.sh
slideAppendGCT.sh
slideConvert
slideDirectory
slideDupIdentify.py
slideEMask
slideEntropySegmentation.py
slideExtract.py
slideExtractTiles.py
slideInfo
slideInfo.py
slideJobChecker
slideLookup
slideMacro
slideMacro.py
slideMask
slideNormalize
slideRename
slideRename.py
slideThumb
slideThumb.py

slideQuantify v1

slideQuantify_v1
slideQuantify_v1_1_expresshist_mask.sh
slideQuantify_v1_2_expresshist_tile.sh
slideQuantify_v1_3_tile_normalizing.sh
slideQuantify_v1_4_cellprofiler.sh
slideQuantify_v1_5_wrapup.sh

slideQuantify v2

slideQuantify_v2
slideQuantify_v2_1_entropy_segmentation.sh
slideQuantify_v2_2_extract_tiles.sh
slideQuantify_v2_3_tile_normalizing.sh
slideQuantify_v2_4_cellprofiler.sh
slideQuantify_v2_5_wrapup.sh

slideQuantifyOSX

slideQuantifyOSX
slideQuantify_cellprofiler.sh
slideQuantify_mask.sh
slideQuantify_normalizing.sh
slideQuantify_tiling.sh
slideQuantify_wrapup.sh

Other scripts

slideToolKitTest.py

Installation

macOSX

Conda version (default/preferred)
Homebrew version

Linux

Rocky 8 Conda version (default/preferred)

Legacy

Ubuntu 16.04 LTS
Ubuntu 12.04 CentOS7 Conda version with modules
Administrator version

Conda vs brew

Clone this wiki locally